SpongeBob en Patrick ontdekken het piratenschip van de Vliegende Hollander, die hun vraagt om samen met hem mee te gaan op een avontuur. Samen beginnen ze aan een doldwaze piratenzoektocht door de oceaan. SpongeBob en Patrick weten evenwel niet dat de piraat een geheime agenda heeft. Wanneer SpongeBobs vrienden te weten komen dat hij is verdwenen, gaan ze snel naar hem op zoek.